при удалении Классификатора добавлять задействованую ветку к полю Описание операции. Тогда после удаления можно будет видеть к чему относилась Операция и в случае чего легко восстановить.
 
Dervish: Не думаю, что это будет удобно всегда. Если только сделать опциональным, но тогда придётся снова городить настройки. В общем, пока не знаю, нужно подумать.